Если ХРень стоит на NTFS то у вас есть много шансов остаться (при навёртывании винды) без нужной инфы!
Допустим у вас один диск С который с NTFS файловой системой, при крахе системы вам нужно востановить ваши данные для этого придётся найти комп товарища на который придётся цеплять ваш винт (причём на том компе должен стоять или 2000 или ХРень) далее вы копируете свою инфу на его винт, а свой форматите в FAT32, потом ставите винду затем отцепляете винт цепляете к компу товарища и сливаете свою инфу (при этом проверив что ваш раздел С является активным (винда товарища может сделать его не загрузочным!)), потом на свой комп и далее рассортировываете свою инфу (да и ещё масла в огонь

надеюсь ваш комп и комп товарища не на гарантии а то иначе СЛЕТИТЕ с неё !)
Если изночально винда стоит на FAT32 то не надо ничего разбирать, а достаточно просто залить винду поверх старой и ВСЁ!
Вообще NTFS вещь хорошая если вы работаете с файлами которые более 2 ГБ (видео например) а также данные на NTFS менее подвержены фрагментации, NTFS более стабильна и позволяет более надёжное шифрование данных (для параноиков

)
Вообще самое оптимальная разбивка диска (по моему мнению) это три или четыре раздела :
1 FAT32 - система
2 FAT32 или NTFS - документы
3 NTFS - игры,фильмы и т.п.
4 FAT32 - инсталяхи
При данной схеме при крахе системы вы просто грузитесь с дискеты и запускаете инсталяху
Затем ставите винду поверх и усё